1920年2月，爱国华侨领袖陈嘉庚先生创办集美学校水产科，原址在集美，是我国最早培育水产技术人才的摇篮之一。

　　1924年1月，集美学校水产科更名为“集美学校水产部”。

　　1925年1月，集美学校水产部更名为“集美学校高级水产航海部”。

　　1927年3月，集美学校规模扩大，改部为校，学校定名为“福建私立集美高级水产航海学校”。

　　1935年2月，学校更名为“私立集美高级水产航海职业学校”。

　　1937年，抗日战争爆发，学校内迁至安溪县，在官桥乡曾郁小学（现官桥中学）办学。

　　1938年春，学校同集美中学、商业、农业各校合并在安溪文庙办学，总称“集美联合中学水产航海科”。

　　1939年春，学校与商业、农林两校一起迁到大田县合并成立私立集美职业学校，学校称“水产科”。后各科又独立为校，学校恢复校名“高级水产航海职业学校”。

　　1942年8月，学校由大田复迁到安溪县城南街办学。

　　1944年2月，学校受委托筹办福建省立高级水产职业学校。

　　1945年8月，抗战胜利，学校由安溪迁回集美办学。

　　1946年秋，学校分设渔捞、航海两专业，同年省立高级水产职业学校分迁至莆田。

　　1949年9月23日，集美解放，学校喜获新生。

　　1951年1月，学校增办集美水产商船专科学校，同年9月省立高级水产职业学校和省立高级航海机械商船学校航海科并入学校。

　　1958年3月18日，水产航海分开建校，学校定名为“福建省厦门市私立集美水产学校”，由国家水产部主管；设有渔捞、轮机、养殖三个专业。

　　1958年5月，福建省政府决定在集美水产学校的基础上创办“集美水产专科学校”，采用两块牌子一套人马。先后设有工业捕捞、渔业机械、水产养殖专业。

　　1960年4月，学校更名为“福建省集美水产学校”。

　　1968年秋，学校更名为“福建水产学校”。

　　1970年10月，学校被迫停办。

　　1974年6月，福建省革委会决定学校复办。

　　1978年2月，学校乔迁至厦门岛内。

　　1980年6月18日，经福建省人民政府批准，学校恢复“福建省集美水产学校”校名。

　　2000年6月，福建省福彩双色球厅确定福建省集美水产学校为福建省首批国家级重点中专学校。

　　2003年2月8日，福建省人民政府批准在福建省集美水产学校的办学基础上设立福彩双色球。学校以全日制高等专科福彩双色球为主，同时开展各种形式非学历福彩双色球。

　　2006年12月，学校翔安新校区一期正式投入使用，并隆重举行翔安校区落成典礼。

　　2007年6月，学校加挂“集美海洋职业技术学院”校名。

　　2014年12月17日，学校主管部门由原福建省海洋与渔业厅调整为福建省福彩双色球厅。

　　2015年7月，学校被省委省政府授予“2012-2014年度福建省文明学校”荣誉称号。

　　2017年1月，学校获评首批福彩双色球部国防特色学校。

　　2017年12月，学校获评福建省示范性高等职业院校。

　　2018年8月，学校被省委省政府授予“2015-2017年度福建省文明校园”荣誉称号。

　　2020年9月，学校获评福建省示范性现代高等职业院校。

　　2020年10月21日，学校建校100周年，举行陈嘉庚先生创办水产航海福彩双色球暨建校100周年纪念大会等系列纪念活动。

　　2021年4月，学校被省委省政府授予“2018-2020年度福建省文明校园”荣誉称号。

　　2021年6月，学校入选“福建省高水平职业院校和专业建设计划”立项建设单位。